Quatre étapes majeures jalonnent l'histoire de l'édifice.

Les deux premières concernent, l'une, la fondation et la construction de l'église ou chapelle, l'autre, la construction du château ou logis. Elles sont analysées à partir des documents provenant des Archives départementales de Toulouse. Toutefois, une étude des caractéristiques architecturales des deux parties de la commanderie et le fait qu'en 1860 le mur nord de l'église ait conservé une fenêtre romane et ses contreforts extérieurs permettent d'établir que l'église fut élevée plus d'un siècle avant le château.

fin du XII^ème, édification de l'église

1207, 1er texte référencé sur Sallebruneau

1280, Jean de Grailly, seigneur de Benauges et de Castillon, lègue après sa mort les biens de Sallebruneau et le droit de justice à l'Ordre de Saint-Jean de Jérusalem

XIV^ème, accolement d'une partie militaire

1477, attaque des seigneurs de Benauges et de Rauzan sur les biens fonciers et les droits banaux. A partir de cette date, le Commandeur ne réside plus à Sallebruneau.

1494, Sallebruneau est sous la tutelle de la prévôté de Sauveterre

1549, le cimetière est attesté

Les deux autres étapes correspondent au démantèlement du château et à l'abandon de l'église. Il est très probable que les troubles liés aux Guerres de Religion, particulièrement au cours des années 1574-1575, ont amené la ruine du château puisque les rapports des visites au XVIII^ème siècle montrent que cette partie de la commanderie était délabrée. L'un d'eux précise même que dans le logis ne subsistent que "les masures d'un ancien château seigneurial qui fut détruit par les guerres civiles".

1494, Sallebruneau est sous la tutelle de la prévôté de Sauveterre

1549, le cimetière est attesté

1550, abandon de la Commanderie

1562/1598, Guerres de Religion, Sallebruneau dévasté

1640, l'église fait partie du diocèse de Bazas et appartient au Commandeur du Temple de Bordeaux.

1789, l'Assemblée Constituante vote la confiscation des biens du Clergé. L'Ordre de Malte perd toutes ses commanderies. Les biens sont vendus à des particuliers.

L'église fut maintenue comme église paroissiale jusqu'à la fin du XIX^ème siècle. Dans la nuit du 19 au 20 février 1879 une violente tempête abattit la plus grande partie du mur nord, une partie du mur sud et détruisit la moitié de la couverture. Selon les témoignages des réparations furent réalisées mais en 1928 l'église était ruinée.

début XX^ème, déplacement des fonts baptismaux et bénitier à Sainte-Présentine

1965, la commune de Sallebruneau est rattachée à celle de Frontenac

1987, inscription de l'édifice sur la liste supplémentaire de l'Inventaire des Monuments Historiques